Дубы | Экология, лес и почва
Posted on 03.11.2012
На территории нашего государства вид распространен в Амурской области, Хабаровском и Приморском краях. Растет на южных инсолируемых склонах, на равнине и в долинах, поднимается в горы, где может произрастать на каменистых склонах, являясь одним из пионеров процесса первичной сукцессии.
В благоприятных условиях это дерево первой величины (первого яруса), до 30 метров высоты. В неблагоприятных же (в горах, на приморских побережьях, в условиях тундры) деревья малорослые, величиной с небольшой кустарник. Отличительной особенностью дуба монгольского является его долговечность и способность переносить низкие температуры. Целесообразно изучить этот дуб на возможность использования генов устойчивости. Число хромосом у данного вида 2n = 24.
Этот вид дуба легко отличить по очень плотным листьям на коротком черешке, длиной до 15 см и шириной до 7 — 8 см, обратно-яйцевидной формы.
Дуб монгольский — очень перспективная порода для скрещиванием с дубом черешчатым и создания засухоустойчивого сорта для лесоразведения в засушливых условий Европейской части РФ.
|
|
|
Для увеличения — кликните по фото или картинке.
Posted in Древесные породы, Дубы
Posted on 03.11.2012
Дерево второй (третьей) величины, обычно с извилистым, сильно сбежистым стволом, покрытом пепельно-серой трещиноватой корой. Весьма светолюбив и засухоустойчив (ксерофит). Произрастает почти исключительно на карбонатных почвах (высокое содержание извести). На очень сухих почвах южных склонов высота его группировок не превышает 8 — 10 м; на более влажных почвах известняковых плато иногда достигает производительности второго класса бонитета и высоты 20 — 25 м (Майкопский ботанический округ).
В пределах бывшего СССР распространен в Крыму и Закавказье. Максимальная высота, на которой зафиксировано произрастание растений этого вида — чуть более 400 м над уровнем моря.
Большой полиморфизм у дуба пушистого проявляется по величине, форме, рассеченности, опушению листьев и т.
п. Число хромосом 2n = 24. Растение обладает чрезвычайно полезным свойством — его сеянцы используются в качестве подвоя для других пород дуба, менее ксерофитных и более теплолюбивых.
Свое название предположительно получил от того, что молодые побеги сильно опушены, то же можно сказать и о желудях.
Posted in Древесные породы, Дубы
Posted on 03.11.2012
Многие люди, далекие от науки ботаники, когда речь идет о дубе, даже не представляют, что на самом деле видов этого растения много. У нас произрастает лишь один, но и, к примеру, с описываемым дубом крупнопыльниковым может познакомиться каждый, достаточно только заинтересоваться и вбить в поисковике куплю бонсай, одним из предложенных удивительных по красоте растеньиц будет именно этот вид. В природе же это — дерево первой величины.
Свое название растение получило благодаря пыльниковым серёжкам длина которых составляет 10 — 15 см, с густо опушённым стержнем; пыльники крупные, до 1,5 мм длиной. Это нехарактерно для всех остальных дубов.
Желуди же внешне очень похожи на привычные нам желуди дуба черешчатого.
Распространен этот вид дуба на Кавказе и в Малой Азии. Очень засухоустойчив, при этом — самый холодостойкий из всех кавказских дубов. Может расти на самом разнообразном субстрате, начиная от скал и кончая почвами мощностью до 1,0 — 1,5 м. На скальных местообитаниях в возрасте около 200 лет его высота достигает 10 — 12 м, на более плодородных почвах развивается в мощное дерево высотой 25 — 30 м и диаметром 1,5 м. Таким образом, этот вид — один из самых высокогорных (до 2500 м над уровнем моря).
По качеству древесины он не уступает дубу черешчатому. Выделяются формы по рассеченности и опушению листовых пластинок. Представляет интерес для отдаленной межвидовой гибридизации в качестве материнской особи. Самые ценные гибриды были получены при скрещивании дуба крупнопыльникового с другими видами. У этого вида встречаются формы, имеющие как 2n = 24, так и 2n = 22 хромосомы.
Posted in Древесные породы, Дубы
Posted on 03.
Дерево первой величины (30 — 38 м), стройное с характерным малосбежистым стволом. Его особая структура давно замечена человеком и используется в декоративных целях, в частности, именно из этой породы можно чаще всего бонсай купить, при этом растение формируется десятилетиями.
По морфологическим признакам дуб скальный близок к самому распространенному из рода дубу черешчатому, но имеет некоторые отличия по форме кроны, коре, листьям, плодам (желудям). Более требователен к теплу, более теневынослив, менее требователен к богатству и влажности почвы. Экологическим оптимум его являются легкие, бурые, достаточно глубокие почвы. Естественный ареал дуба скального распространяется значительно южнее дуба черешчатого, и в нашей стране почти не встречается в естественной природе, хотя и имеется зона интрогрессии (Кавказ, побережье Черного моря). В своем роде эта порода уникальна, поскольку экземпляры способны выживать на очень сухих участках южных склонов, формируя уникальную экосистему.
Другие распространенные видовые названия растения — зимний, сидячецветный, каменный.
Дуб скальный — ценное лекарственное растение (кора оказывает вяжущее, противовоспалительное воздействие, настой убивает болезнетворных простейших). Настой коры применяется при отравлениях.
Как и у дуба черешчатого, у дуба скального описано множество форм, которые могут использоваться в селекции (вопросами селекции занимались следующие ученые: С.С. Пятницкий, 1954; Н.И. Давыдова, 1982; И. Добринов, 1983; Л.Ф. Семериков, 1986). Число хромосом у дуба скального 2п=24.
Posted in Древесные породы, Дубы
Posted on 03.11.2012
Дуб — пожалуй, одно из самых почитаемых в нашей культуре растений. Сколько поэтических произведений посвящено этому долгожителю, в скольких сказках он фигурирует. Дуб издавна славился своей ценной древесиной и лечебными свойствами.
Дуб черешчатый — это одна из главных лесообразующих пород лесостепи. Распространен в европейской части России (доходит до Санкт-Петербурга), на Кавказе, Украине и в Западной Европе. Представляет собой мощное красивое дерево первой величины высотой до 30 м. Однодомное ветро-опыляемое растение. Умеренно теплолюбивая, очень засухоустойчивая, светолюбивая, ветроустойчивая и одна из наиболее долговечных лиственных пород. Дуб черешчатый требователен к почвам. Лучше всего растет на свежих глубоких серых лесных суглинках и деградированных черноземах, где формирует мощную, сильноразветвленную корневую систему. Может также расти на слабооподзоленных почвах и солонцах.
Широкий географический и особенно экологический ареал произрастания дуба черешчатого свидетельствует о его большой экологической пластичности. Он отличается большим внутривидовым разнообразием, включающем климатические и эдафические экотипы, множество ареальных и безареальных наследственных форм, а также отклонений, наследственная природа которых еще слабо изучена. У него встречаются формы с различным числом хромосом: 2n=22, 2n=24 и 2n=36.
Дополнительную информацию о разведении дуба можно посмотреть здесь, о хранении желудей здесь.
Posted in Древесные породы, Дубы
Размножение и деление клеток » Детская энциклопедия (первое издание)
Клетки животных
Что такое наследственность и как она изменяется
Итак, тела растений и животных состоят из многих клеток, межклеточных веществ и более сложных соединений клеток.
Но различные клетки в организме приспособлены к различным видам жизнедеятельности. Однако живой организм — не простая совокупность клеток. Все клетки, ткани и органы тесно связаны между собой и составляют единое целое. Именно потому, что различные клетки специализированы в различных направлениях, они не могут жить без других клеток. Мускульное волокно или нервная клетка, как и многие другие клетки организма, не могут питаться непосредственно. Пища переваривается в кишечнике, оттуда поступает в кровь и кровью доставляется клеткам мускулов и нервов в усвояемом виде. Клетки корня и многих других органов зеленого растения не могли бы жить без зеленых клеток мякоти листа. Вот почему клетки многоклеточных животных и растений, выделенные из организма, не могут долго жить и неизбежно погибают. В этом их отличие от одноклеточных и некоторых низших многоклеточных растений и животных (см. ст. «Простейшие животные»).
РАЗМНОЖЕНИЕ КЛЕТОК
Строение ядра клетки: п —протоплазма, яо — ядерная оболочка, я — ядрышко.
Сколько клеток в теле взрослого человека или крупного животного? Сколько их у дуба или липы? Многие миллионы. Но и человек, и собака, и дуб начали свое существование с одной оплодотворенной яйцевой клетки. Пока организм растет и развивается, размножаются и его клетки, да и позже, когда организм достигнет предельного роста, размножение клеток не останавливается, так как молодые клетки необходимы для замены отмирающих. Многолетние растения обладают, кроме того, неограниченным ростом. Множество клеток сбрасывает дерево в опадающих осенью листьях, но еще больше клеток появляется весной в новой листве.
Это возможно только потому, что клетки размножаются. Однако к размножению способны далеко не все клетки многоклеточного организма. Многие из них приспособлены к определенным ограниченным видам жизнедеятельности и утратили способность размножаться. У животных не размножаются, например, нервные и мускульные клетки, эритроциты крови. Новые же такие клетки образуются из особых неспециализированных клеток.
У красных кровяных телец — эритроцитов нет ядра, и размножаться они не способны. В крови человека они живут всего около 30 дней, а затем погибают. Между тем эритроциты нужны организму в огромном количестве, так как они доставляют кислород из легких во все части тела. Достаточно сказать, что в кубическом миллиметре крови здорового человека около 5 млн. эритроцитов.
Как же пополняется число эритроцитов в крови? Эритроциты образуются в так называемых кровотворных органах, а именно в костном мозгу, в результате размножения особых клеток, имеющих ядра.
У высших растений делящиеся клетки сосредоточены преимущественно в определенных местах растений или в определенных тканях. Так, например, почки и новые побеги образуются размножением клеток только в точке роста растения: корень растет в длину размножением клеток кончика корня, стебель утолщается за счет размножения клеток особой ткани — камбия.
ДЕЛЕНИЕ КЛЕТОК
Чтобы понять процесс размножения клеток, необходимо ознакомиться подробнее со строением клеточного ядра, так как его роль в делении клетки особенно велика.
Ядро и протоплазма есть в каждой живой полноценной клетке. Многочисленные опыты расчленения клеток показали, что ни протоплазма без ядра, ни ядро без протоплазмы существовать не могут и погибают.
Понятно поэтому, что на строение ядра ученые обращали особое внимание.
Изучение ядра показало, что на различных этапах жизни клетки оно выглядит неодинаково. У ядра в неделящейся, но растущей клетке иное строение, чем во время деления. Строение ядер неделящихся клеток довольно разнообразно. В наиболее типичных случаях различают в ядре ядерную оболочку и жидкое содержимое ядра, в котором часто заметны одно или несколько плотных телец — ядрышек. Кроме того, в ядре можно иногда наблюдать тончайшую сеть переплетающихся нитей.
Фазы деления клетки
По-другому выглядит строение ядра перед началом деления клетки. В ядре происходит ряд изменений, закономерно следующих одно за другим, и, что особенно важно, эти изменения происходят очень сходно у всех растений и животных.
Под микроскопом в начале деления клетки можно различить в ядре нити, спутанные в плотный клубок (1).
Немного позже клубок становится более рыхлым, и отчетливо видно, что он действительно состоит из отдельных нитей (2). Эти нити получили название хромосом, что в переводе с греческого означает «окрашивающиеся тельца». (Следует сказать, что при изучении ядра применяют особые краски, которые по-разному окрашивают разные части ядра.) На следующей стадии деления клетки хромосомы становятся короче и толще (3, 4). При этом обнаружено замечательное явление. В клетке каждого вида растения или животного определенное количество хромосом. Так, например, в клетке червя аскариды 4 хромосомы, в клетке ржи — 14, в клетке человека — 48 хромосом. В одной и той же клетке хромосомы могут отличаться друг от друга формой и величиной. Но во всех делящихся клетках определенного вида животного или растения набор хромосом одинаков.
Индивидуальные различия между хромосомами дали возможность установить, что для каждой хромосомы есть в клетке парная ей. В клетках ржи 14 хромосом — семь пар; у человека в клетке 48 хромосом — 24 пары.
На следующей стадии деления клетки оболочка ядра растворяется. К этому времени в протоплазме образуется так называемое веретено деления. Оно состоит из тончайших протоплазматических нитей, сходящихся к двум противоположным полюсам клетки. Хромосомы располагаются по экватору веретена (5). В это время становится заметным, что каждая из хромосом начинает расщепляться продольно на две дочерние. Расщепившиеся хромосомы прикрепляются к нитям веретена и расходятся к полюсам, так что из каждых двух дочерних хромосом одна отходит к одному полюсу, а другая — к другому (6). В результате к каждому полюсу отходит столько хромосом, сколько их было в материнской клетке. Если в ней было 48 хромосом, то к каждому полюсу веретена отойдет также 48 хромосом. Другими словами, каждому размножению клетки предшествует закономерное размножение хромосом.
Затем хромосомы удлиняются, становятся более тонкими и собираются в клубок. Одновременно вокруг хромосом формируются ядерные оболочки двух дочерних ядер (7), а там, где был экватор веретена, появляется перетяжка (5), делящая материнскую клетку на две дочерние (9).
Двойное и одинарное количество хромосом в клетках растения наяды.
Так происходит деление подавляющего большинства клеток растений и животных.
Изучение деления клеток показало:
1. Клеткам каждого вида животного или растения свойственно определенное число хромосом.
2. Хромосомы парны, т. е. в одном и том же ядре каждой клетки хромосомы представлены двумя подобными образованиями.
3. Перед делением клетки каждая хромосома размножается, расщепляясь продольно, в результате чего ядра дочерних клеток получают то же количество хромосом, какое было в материнской клетке.
Все это приводит к выводу, что хромосомы — очень важная часть клетки. Между протоплазмой и ядром происходит постоянное взаимодействие, связанное с обменом веществ и сложнейшими биохимическими процессами, происходящими в клетке. Размножение хромосом при делении клетки показывает, что в результате этого процесса в клетке формируются хромосомы, подобные существующим.
Многочисленные опыты дают основание полагать, что хромосомы представляют собой те части клеток, от которых зависят наследственные особенности каждого вида растений или животных.
Пожалуй, самое замечательное в органическом мире состоит в том, что всякое живое существо начинает свою жизнь с одной клетки — оплодотворенного яйца. И вот в тысячах тысяч поколений клеток сохраняется определенное количество хромосом и индивидуальность каждой из них.
Чем же объясняется парность хромосом в клетках? Почему каждая хромосома представлена в клетке двумя подобными образованиями? Каков биологический смысл этого явления? В живых организмах происходят и такие деления клеток, при которых число хромосом в дочерних клетках уменьшается вдвое — из каждой пары остается одна хромосома. Это происходит при созревании половых клеток. Поэтому в обычных условиях в зрелом яйце и в зрелом сперматозоиде животного имеется половинное количество хромосом — по одной из каждой пары. При оплодотворении, т. е. при слиянии двух созревших половых клеток, сливаются и их ядра. В результате в оплодотворенном яйце будет снова полное (парное) количество хромосом.
Значит, в оплодотворенном яйце половина хромосом — отцовские, а половина — материнские.
Это соотношение сохраняется во всех клетках развивающегося организма, так как при всех делениях клеток хромосомы размножаются.
Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.
Клетки животных
Что такое наследственность и как она изменяется
Расшифрован геном дуба | International Oak Society
Ниже приводится перевод пресс-релиза, выпущенного INRA 10 мая 2015 г. Доступен реферат предварительного документа, опубликованного в Molecular Ecology Resources на английском языке:
Исследовательские группы INRA и CEA только что завершили секвенирование генома дуба черешчатого ( Quercus robur ).
Это первое секвенирование вида рода
Дуб черешчатый (Аверон, Франция), © INRA, А. Кремер |
Знаменитое дерево, дуб черешчатый ( Quercus robur ) является частью крупнейшей ботанической секции рода Quercus: Дуб белый, 200 видов которого произрастают в Европе, Азии и Америке. Благодаря консорциуму, возглавляемому INRA Bordeaux-Aquitaine в партнерстве с Национальным центром секвенирования CEA (Génoscope), был секвенирован геном дуба черешчатого.
Три года работы позволили расшифровать всю генетическую информацию, которую несут его 12 пар хромосом. Консорциум охарактеризовал 50 000 генов и подсчитал, что половина из 1,5 миллиардов пар оснований генома состоит из повторяющихся элементов. Это первое подобное достижение для вида рода 9.0005 Quercus, , который имеет важное экономическое, экологическое, а также культурное значение во многих странах.
Секвенирование генома дуба черешчатого представляет собой уникальный подход к анализу и пониманию функции генов этого легендарного дерева. Таким образом, его геном будет эталоном для других видов белого дуба, а также для более отдаленных видов семейства Fagaceae (каштан или бук). Это позволит изучить внутреннюю регуляцию очень долгоживущих видов, подверженных сильным годовым колебаниям климата или даже экстремальным явлениям, пережитым в течение их жизни. Это исследование также облегчит идентификацию генов, участвующих в адаптации к окружающей среде или в симбиотических отношениях между корнями и микоризными грибами (такими как мицелий трюфелей).
Они также позволят идентифицировать гены, ответственные за биосинтез древесных экстрактов, таких как дубильные вещества и лактон виски, которые придают аромат и вкус винам и спиртным напиткам. С точки зрения эволюции, последовательность генома дуба уже позволяет исследователям более тщательно анализировать местные процессы адаптации и видообразования, которые объясняют разнообразие этих деревьев, колонизировавших очень разные места обитания.
Эта работа представляет собой значительный прогресс в понимании биологии, генетики и эволюции деревьев и будет иметь неоценимое значение для будущих исследований структуры и функции генома этих многолетников. Помимо академических знаний, это исследование открывает возможности в более прикладных областях в ответ на многие социальные проблемы, связанные с эволюцией лесов.
Общие результаты В соответствии с Бермудскими островами (1998) и Форт-Лодердейл (2003 г. |
Проект ГЕНОАК Секвенирование, сборка и аннотация генома дуба является результатом проекта «ГЕНОАК» (секвенирование генома дуба и идентификация адаптивных генов в лесных деревьях), инициированного в октябре 2011 г. при софинансировании в течение 4 лет Национальным агентством исследований и объединения нескольких исследовательских групп INRA и CEA Génoscope. |
) международных соглашений и более позднем Заявлении Торонто (2009 г.), данные секвенирования генома дуба предоставляются научному сообществу в свободный доступ ( www.oakgenome.fr ) до публикации, запланированной в в ближайшие месяцы научная работа будет завершена консорциумом.
Перевод: Charles Snyers
Атлас экспрессии генов дуба: понимание эволюции генома Fagaceae и открытие генов, регулируемых во время выхода почек из покоя
Обзор Timacbal J, Aussen G. и лесоводство местных дубов во Франции.
Энн Сай Фор. 1996; 53: 649–61. doi: 10.1051/forest:19960243. [CrossRef] [Google Scholar]
2. Кремер А., Седерофф Р., Уилер Н.С. Геномика здоровья леса и экосистемы Fagaceae. Деревья Генет Геномы. 2010;6:815–20. дои: 10.1007/s11295-010-0277-й. [CrossRef] [Google Scholar]
3. Goicoechea PG, Petit RJ, Kremer A. Обнаружение следов дивергентного отбора у дубов с помощью связанных маркеров. Наследственность. 2012; 109: 361–71. doi: 10.1038/hdy.2012.51. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
4. Kremer A, Abbott AG, Carlson JE, Manos PS, Plomion C, Sisco P, et al. Геномика Fagaceae. Генетические геномы деревьев. 2012; 8: 583–610. doi: 10.1007/s11295-012-0498-3. [CrossRef] [Google Scholar]
5. Faivre Rampant P, Lesur I, Boussardon C, Bitton F, Martin-Magniette ML, Bodénès C, et al. Анализ концевых последовательностей BAC у дуба, ключевого вида лесных деревьев, дает представление о составе его генома. Геномика BMC. 2011;12:292. doi: 10.1186/1471-2164-12-292.
[Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
6. Durand J, Bodénès C, Chancerel E, Frigerio J-M, Vendramin G, Sebastiani F, et al. Быстрый и экономичный подход к разработке и картированию маркеров EST-SSR: дуб как пример. Геномика BMC. 2010;11:570. дои: 10.1186/1471-2164-11-570. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
7. Bodénès C, Chancerel E, Gailing O, Vendramin GG, Bagnoli F, Durand J, et al. Сравнительное картирование Fagaceae и не только с помощью EST-SSR. BMC Растение Биол. 2012;12:153. дои: 10.1186/1471-2229-12-153. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
8. Ueno S, Le Provost G, Léger V, Klopp C, Noirot C, Frigerio J-M, et al. Биоинформационный анализ EST, собранных Сэнгером, и методы пиросеквенирования ключевой породы лесных деревьев: дуба. Геномика BMC. 2010;11:650. дои: 10.1186/1471-2164-11-650. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
9. Kersten B, Ghirardo A, Schnitzler J-P, Kanawati B, Schmitt-Kopplin P, Fladung M, et al.
Комплексная транскриптомика и метаболомика расшифровывают различия в устойчивости дуба черешчатого к травоядным Tortrix viridana L. BMC Genomics. 2013;14:737. дои: 10.1186/1471-2164-14-737. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
10. Van Verk MC, Hickman R, Pieterse CMJ, Van Wees SCM. RNA-Seq: выявление мессенджеров. Тенденции Растениевод. 2013;18:175–179. doi: 10.1016/j.tplants.2013.02.001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
11. Zenoni S, Ferrarini A, Giacomelli E, Xumerle L, Fasoli M, Malerba G, et al. Характеристика сложности транскрипции при развитии ягоды у Vitis vinifera с использованием RNA-Seq. Завод Физиол. 2010; 152:1787–95. doi: 10.1104/стр.109.149716. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
12. Kakumanu A, Ambavaram MMR, Klumas C, Krishnan A, Batlang U, Myers E, et al. Влияние засухи на экспрессию генов в репродуктивной ткани и меристеме листьев кукурузы, выявленное с помощью RNA-Seq.
Завод Физиол. 2012; 160:846–67. doi: 10.1104/стр.112.200444. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
13. Young ND, Jex AR, Li B, Liu S, Yang L, Xiong Z, et al. Полногеномная последовательность Шистосома гематобиум . Нат Жене. 2012;44:221–5. doi: 10.1038/ng.1065. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
14. Юрьев А., Мулюков З., Котельникова Е., Маслов С., Егоров С., Никитин А. и др. Автоматическое построение путей в сетях биологических ассоциаций. Биоинформатика BMC. 2006; 7:171. дои: 10.1186/1471-2105-7-171. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
15. Vignes M, Vandel J, Allouche D, Ramadan-Alban N, Cierco-Ayrolles C, Schiex T, et al. Реконструкция сети регуляции генов с использованием байесовских сетей, селектора Данцига, лассо и их метаанализа. ПЛОС Один. 2011;6:e29165. doi: 10.1371/journal.pone.0029165. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
16. Stocker TF, Dahe Q, Plattner G-K.
Изменение климата 2013: основы физической науки. Кембридж, Великобритания и Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США: Издательство Кембриджского университета; 2013. [Google Scholar]
17. Pont C, Murat F, Confolent C, Balzergue S, Salse J. Секвенирование РНК в зерне раскрывает судьбу событий нео- и палеополиплоидизации мягкой пшеницы ( Triticum aestivum L.) Геном биол. 2011;12:R119. doi: 10.1186/gb-2011-12-12-r119. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
18. Cloonan N, Forrest ARR, Kolle G, Gardiner BBA, Faulkner GJ, Brown MK, et al. Профилирование транскриптома стволовых клеток с помощью крупномасштабного секвенирования мРНК. Нат Методы. 2008; 5: 613–9. doi: 10.1038/nmeth.1223. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
19. Salse J. In silico археогеномика представляет современную организацию генома растений, регуляцию и эволюцию. Curr Opin Plant Biol. 2012;15:122–30. doi: 10.1016/j.pbi.2012.01.001. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
20.
Мартин Дж. А., Ван З. Сборка транскриптома следующего поколения. Нат Рев Жене. 2011;12:671–82. doi: 10.1038/nrg3068. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
21. Cahais V, Gayral P, Tsagkogeorga G, Melo-Ferreira J, Ballenghien M, Weinert L, et al. Сборка транскриптома без ссылок на немодельных животных по данным секвенирования следующего поколения. Мол Эколь Ресурс. 2012;12:834–45. doi: 10.1111/j.1755-0998.2012.03148.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
22. Tarkka MT, Herrmann S, Wubet T, Feldhahn L, Recht S, Kurth F, et al. ДубContigDF159.1, справочная библиотека для изучения дифференциальной экспрессии генов в Quercus robur во время контролируемых биотических взаимодействий: использование для количественного транскриптомного профилирования корней дуба в эктомикоризном симбиозе. Новый Фитол. 2013; 199: 529–40. doi: 10.1111/nph.12317. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
23. Quang ND, Ikeda S, Harada K. Варианты нуклеотидов в Quercus crispula Blume.
Наследственность. 2008; 101:166–74. doi: 10.1038/hdy.2008.42. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
24. Мюллер Т., Энсмингер И., Шмид К.Ю. Каталог предполагаемых уникальных транскриптов пихты Дугласа ( Pseudotsuga menziesii ), основанный на секвенировании 454 транскриптомов генетически разнообразных сеянцев, пострадавших от засухи. Геномика BMC. 2012;13:673. дои: 10.1186/1471-2164-13-673. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
25. Canales J, Bautista R, Label P, Gómez-Maldonado J, Lesur I, Fernández-Pozo N, et al. Сборка транскриптома морской сосны De novo : значение для лесной селекции и биотехнологии. Plant Biotechnol J. 2014; 12: 286–9.9. doi: 10.1111/pbi.12136. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
26. Barakat A, DiLoreto DS, Zhang Y, Smith C, Baier K, Powell WA, et al. Сравнение транскриптомов американского каштана ( Castanea dentata ) и китайского каштана ( Castanea mollissima ) в ответ на заражение фитофторой каштана.
BMC Растение Биол. 2009; 9:51. дои: 10.1186/1471-2229-9-51. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
27. Parchman TL, Geist KS, Grahnen JA, Benkman CW, Buerkle CA. Секвенирование транскриптома экологически важных видов деревьев: сборка, аннотация и обнаружение маркеров. Геномика BMC. 2010;11:180. дои: 10.1186/1471-2164-11-180. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
28. Дерори Дж., Скотти-Сентань С., Бертокки Э., Ле Дантек Л., Грайник Н., Джоффрес А. и другие. Контрастные отношения между разнообразием генов-кандидатов и изменчивостью распускания почек в естественных и сегрегационных популяциях европейского дуба. Наследственность. 2010; 104: 438–48. doi: 10.1038/hdy.2009.134. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
29. Мотт Р. EST_GENOME: программа для сопоставления сплайсированных последовательностей ДНК с несплайсированными геномными ДНК. Компьютерное приложение Biosci CABIOS. 1997; 13: 477–8. [PubMed] [Академия Google]
30.
Plomion C, Fievet V. Геномика дуба набирает обороты… и вступает в эру экологической геномики. Новый Фитол. 2013;199:308–10. doi: 10.1111/nph.12357. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
31. Грин Р., Мартин Г. Розид есть розид есть розид… или нет. Adv Classif Res Online. 2013; 23:9–16. doi: 10.7152/acro.v23i1.14228. [CrossRef] [Google Scholar]
32. Ueno S, Klopp C, Leplé JC, Derory J, Noirot C, Léger V, et al. Транскрипционное профилирование индукции и высвобождения покоя почек у дуба с помощью секвенирования следующего поколения. Геномика BMC. 2013;14:236. дои: 10.1186/1471-2164-14-236. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
33. Lepoittevin C, Chancerel E, Villate L, Bodenes C, Lang T, Lesur I, et al. Открытие однонуклеотидного полиморфизма и разработка массива SNP высокой плотности для генетического анализа европейских белых дубов. Мол Эколь Ресурс. 2015. Принято. [PubMed]
34. Degenhardt RF, Bonham-Smith PC. Профилирование транскрипта демонстрирует отсутствие дозовой компенсации у Arabidopsis после потери одного паралога RPL23a.
Планта. 2008; 228: 627–40. doi: 10.1007/s00425-008-0765-6. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
35. Song Y, Zhang H, Chen C, Wang G, Zhuang K, Cui J и др. Протеомный анализ медь-связывающих белков в корнях риса с избытком меди с помощью аффинной хроматографии с иммобилизованным металлом и двумерного электрофореза. Biometals Int J Role Met Ions Biol Biochem Med. 2014; 27: 265–76. doi: 10.1007/s10534-014-9707-x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
36. Ariz I, Asensio AC, Zamarreño AM, García-Mina JM, Aparicio-Tejo PM, Moran JF. Изменения в балансе C/N, вызванные увеличением внешней концентрации аммония, обусловлены наличием углерода и энергии во время аммиачного питания растений гороха: ключевая роль аспарагинсинтетазы и анаплеротических ферментов. Завод Физиол. 2013; 148: 522–37. дои: 10.1111/j.1399-3054.2012.01712.х. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
37. Guo Y, Xiong L, Ishitani M, Zhu J-K. Мутация Arabidopsis в факторе элонгации трансляции 2 вызывает супериндукцию генов факторов транскрипции CBF/DREB1, но блокирует индукцию их нижестоящих мишеней при низких температурах. Proc Natl Acad Sci U S A. 2002;99:7786–91. doi: 10.1073/pnas.112040099. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
38. Cantrel C, Vazquez T, Puyaubert J, Rezé N, Lesch M, Kaiser WM, et al. Оксид азота участвует в формировании холодочувствительных фосфосфинголипидов и экспрессии генов в Arabidopsis thaliana . Новый Фитол. 2011;189:415–27. doi: 10.1111/j.1469-8137.2010.03500.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
39. Da Silveira Falavigna V, Porto DD, Buffon V, Margis-Pinheiro M, Pasquali G, Revers LF. Дифференциальные профили транскрипции генов, связанных с состоянием покоя, в почках яблони. Отчет Plant Mol Biol. 2014; 32:796–813. doi: 10.1007/s11105-013-0690-0. [CrossRef] [Google Scholar]
40. Ensminger I, Busch F, Huner NPA. Фотостаз и холодовая акклиматизация: восприятие низкой температуры посредством фотосинтеза. Завод Физиол. 2006; 126: 28–44. дои: 10.1111/j.1399-3054.2006.00627.х. [CrossRef] [Google Scholar]
41. Goulas E, Schubert M, Kieselbach T, Kleczkowski LA, Gardeström P, Schröder W, et al.
Люмен хлоропластов и стромальные протеомы Arabidopsis thaliana проявляют разную чувствительность к кратковременному и длительному воздействию низкой температуры. Растение J Cell Mol Biol. 2006; 47: 720–34. doi: 10.1111/j.1365-313X.2006.02821.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
42. Исикава Т., Ватанабэ Н., Нагано М., Каваи-Ямада М., Лам Э. Ингибитор Bax-1: высококонсервативный супрессор гибели резидентных клеток эндоплазматического ретикулума. Смерть клеток 2011;18:1271–8. doi: 10.1038/cdd.2011.59. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
43. He L, Yang X, Wang L, Zhu L, Zhou T, Deng J, et al. Молекулярное клонирование и функциональная характеристика нового гена протеинкиназы, взаимодействующей с CBL хлопка (GhCIPK6), выявили его участие в устойчивости трансгенных растений к множественным абиотическим стрессам. Biochem Biophys Res Commun. 2013; 435:209–15. doi: 10.1016/j.bbrc.2013.04.080. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
44.
Doğramaci M, Horvath DP, Chao WS, Foley ME, Christoffers MJ, Anderson JV. Низкие температуры влияют на состояние покоя, способность к цветению и профили транскрипции в почках листового молочая. Завод Мол Биол. 2010;73:207–26. doi: 10.1007/s11103-010-9621-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
45. Lee H, Suh S-S, Park E, Cho E, Ahn JH, Kim S-G и др. Белок домена MADS AGAMOUS-LIKE 20 интегрирует цветочные индуктивные пути в Arabidopsis . Гены Дев. 2000;14:2366–76. doi: 10.1101/gad.813600. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
46. Trainin T, Bar-Ya’akov I, Holland D. ParSOC1, ген MADS-box, тесно связанный с Arabidopsis AGL20/SOC1, является проявляется в листьях абрикоса суточным образом и связано с потребностью в охлаждении для выхода из состояния покоя. Генетические геномы деревьев. 2013;9: 753–66. doi: 10.1007/s11295-012-0590-8. [CrossRef] [Google Scholar]
47. Kang CH, Jung WY, Kang YH, Kim JY, Kim DG, Jeong JC и другие.
AtBAG6, новый кальмодулин-связывающий белок, вызывает запрограммированную гибель клеток у дрожжей и растений. Смерть клеток 2006; 13:84–95. doi: 10.1038/sj.cdd.4401712. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
48. Kobayashi M, Takato H, Fujita K, Suzuki S. HSG1, атаноген, связанный с Bcl-2 винограда, способствует цветочному переходу путем активации экспрессии CONSTANS в трансгенных Растение арабидопсис . Mol Biol Rep. 2012; 39:4367–74. doi: 10.1007/s11033-011-1224-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
49. Dresselhaus T, Srilunchang K-O, Leljak-Levanic D, Schreiber DN, Garg P. Индуцированный оплодотворением фактор репликации ДНК MCM6 кукурузы перемещается между цитоплазмой и ядром и имеет важное значение. для роста и развития растений. Завод Физиол. 2006; 140: 512–27. doi: 10.1104/стр.105.074294. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
50. Dang HQ, Tran NQ, Gill SS, Tuteja R, Tuteja N. Одна субъединица MCM6 из гороха повышает устойчивость к засолению, не влияя на урожайность.
Завод Мол Биол. 2011;76:19–34. doi: 10.1007/s11103-011-9758-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
51. Springer PS, McCombie WR, Sundaresan V, Martienssen RA. Маркировка генной ловушкой PROLIFERA, основного MCM2-3-5-подобного гена в Arabidopsis . Наука. 1995; 268: 877–80. doi: 10.1126/science.7754372. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
52. Springer PS, Holding DR, Groover A, Yordan C, Martienssen RA. Незаменимый белок Mcm7 PROLIFERA локализуется в ядре делящихся клеток во время фазы G(1) и необходим матери в начале 9-летнего возраста.0005 Развитие арабидопсиса . Дев Кэмб англ. 2000; 127:1815–22. [PubMed] [Google Scholar]
53. Stevens R, Grelon M, Vezon D, Oh J, Meyer P, Perennes C, et al. Гомолог CDC45 в Arabidopsis необходим для мейоза, как показано сайленсингом генов, индуцированным РНК-интерференцией. Растительная клетка. 2004; 16:99–113. doi: 10.1105/tpc.016865. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
54.
Zou L, Stillman B. Сборка комплекса, содержащего Cdc45p, репликационный белок A и Mcm2p в точках начала репликации, контролируемых циклин-зависимыми киназами S-фазы и киназа Cdc7p-Dbf4p. Мол Селл Биол. 2000; 20:3086–9.6. doi: 10.1128/MCB.20.9.3086-3096.2000. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
55. Horvath DP, Anderson JV, Chao WS, Foley ME. Знать, когда расти: сигналы, регулирующие состояние покоя почек. Тенденции Растениевод. 2003; 8: 534–40. doi: 10.1016/j.tplants.2003.09.013. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
56. Anderson JV, Doğramacı M, Horvath DP, Foley ME, Chao WS, Suttle JC, et al. Ауксин и АБК действуют как центральные регуляторы сетей развития, связанных с парадормантностью у канадского чертополоха (9).0005 Cirsium arvense ) Функция Integr Genomics. 2012;12:515–31. doi: 10.1007/s10142-012-0280-5. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
57. Aubert D, Chevillard M, Dorne AM, Arlaud G, Herzog M. Паттерны экспрессии генов GASA в Arabidopsis thaliana : ген GASA4 активен.
регулируется гиббереллинами в меристематических областях. Завод Мол Биол. 1998; 36: 871–83. doi: 10.1023/A:1005938624418. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
58. Horvath DP, Chao WS, Anderson JV. Молекулярный анализ сигналов, контролирующих покой и рост в подземных адвентивных почках листового молочая. Завод Физиол. 2002;128:1439–46. doi: 10.1104/стр.010885. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
59. Skirycz A, Radziejwoski A, Busch W, Hannah MA, Czeszejko J, Kwaśniewski M, et al. Транскрипционный фактор DOF OBP1 участвует в регуляции клеточного цикла у Arabidopsis thaliana . Растение J Cell Mol Biol. 2008; 56: 779–92. doi: 10.1111/j.1365-313X.2008.03641.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
60. Derory J, Léger P, Garcia V, Schaeffer J, Hauser MT, Salin F, et al. Транскриптомный анализ распускания почек дуба скального ( Quercus petraea ) Новый фитол. 2006; 170:723–38. doi: 10.1111/j.1469-8137.2006.01721.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
61.
Перет Б., Сваруп К., Фергюсон А., Сет М., Ян И., Дондт С. и др. Гены AUX / LAX кодируют семейство переносчиков притока ауксина, которые выполняют различные функции во время развития Arabidopsis . Растительная клетка. 2012;24:2874–85. doi: 10.1105/tpc.112.097766. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
62. Бенцинк Л., Коорнниф М. Покой семян и прорастание. Арабская книга Am Soc Plant Biol. 2008;6:e0119. doi: 10.1199/таб.0119. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
63. Нефф М.М., Нгуен С.М., Маланчарувил Э.Дж., Фудзиока С., Ногучи Т., Сето Х. и др. BAS1 : ген, регулирующий уровни брассиностероидов и реакцию на свет у Arabidopsis . Proc Natl Acad Sci U S A. 1999; 96:15316–23. doi: 10.1073/pnas.96.26.15316. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
64. Карлберг А., Энглунд М., Петтерле А., Молнар Г., Шодин А., Бако Л. и соавт. Анализ глобальных изменений в экспрессии генов во время цикла активности-покоя у верхушки гибридной осины.
Биотехнология растений. 2010; 27:1–16. doi: 10.5511/plantbiotechnology.27.1. [CrossRef] [Google Scholar]
65. Riou-Khamlichi C, Menges M, Healy JM, Murray JA. Сахарный контроль клеточного цикла растений: дифференциальная регуляция экспрессии гена циклина Arabidopsis D-типа. Мол Селл Биол. 2000;20:4513–21. doi: 10.1128/MCB.20.13.4513-4521.2000. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
66. Hanson J, Hanssen M, Wiese A, Hendriks MMWB, Smeekens S. Регулируемый сахарозой фактор транскрипции bZIP11 влияет на метаболизм аминокислот, регулируя экспрессию аспарагинсинтетазы1 и пролиндегидрогеназы2. Растение J Cell Mol Biol. 2008;53:935–49. doi: 10.1111/j.1365-313X.2007.03385.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
67. Gao F, Jordan MC, Ayele BT. Транскрипционные программы, регулирующие покой семян и их высвобождение путем дозревания мягкой пшеницы ( Triticum aestivum L.) Plant Biotechnol J. 2012;10:465–76. doi: 10.1111/j.1467-7652.
2012.00682.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
68. Gonzali S, Loreti E, Solfanelli C, Novi G, Alpi A, Perata P. Идентификация генов, модулирующих сахар, и доказательства in vivo восприятия сахара у Arabidopsis . J Завод Res. 2006; 119:115–23. doi: 10.1007/s10265-005-0251-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
69. Huang X, Madan A. CAP3: программа сборки последовательности ДНК. Геном Res. 1999;9:868–77. doi: 10.1101/gr.9.9.868. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
70. Le Provost G, Herrera R, Paiva JA, Chaumeil P, Salin F, Plomion C. Микрометод для высокопроизводительной экстракции РНК из лесных деревьев. Биол Рез. 2007;40:291–7. doi: 10.4067/S0716-97602007000400003. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
71. Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P. Базовый вызов следов автоматического секвенсора с использованием phred. I Оценка точности. Геном Res. 1998; 8: 175–85. doi: 10.1101/gr.8.3.175. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
72.
Тарайло-Граовац М., Чен Н. Использование повторного маскирования для идентификации повторяющихся элементов в геномных последовательностях. Курр Проток Биоинформа. 2009;4:4.10.1-4.10.14. [Google Scholar]
73. Falgueras J, Lara AJ, Fernández-Pozo N, Cantón FR, Pérez-Trabado G, Claros MG. SeqTrim: конвейер с высокой пропускной способностью для предварительной обработки считанных последовательностей любого типа. Биоинформатика BMC. 2010;11:38. дои: 10.1186/1471-2105-11-38. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
74. Zerbino DR, Birney E. Velvet: алгоритмы для новой сборки коротких чтений с использованием графов де Брейна. Геном Res. 2008; 18: 821–9.. doi: 10.1101/gr.074492.107. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
75. Pertea G, Huang X, Liang F, Antonescu V, Sultana R, Karamycheva S, et al. Инструменты кластеризации генных индексов TIGR (TGICL): программная система для быстрой кластеризации больших наборов данных EST. Биоинформа Oxf англ.
2003; 19: 651–2. doi: 10.1093/биоинформатика/btg034. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
76. Chevreux B, Pfisterer T, Drescher B, Driesel AJ, Müller WEG, Wetter T, et al. Использование ассемблера miraEST для надежной и автоматизированной сборки транскриптов мРНК и обнаружения SNP в секвенированных EST. Геном Res. 2004; 14:1147–59.. doi: 10.1101/gr.1917404. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
77. Chevreux B, Wetter T, Suhai S. Сборка последовательности генома с использованием сигналов трассировки и дополнительной информации о последовательности. Ганновер, Германия: Учеб. Немецкая конференция по биоинформатике GCB’99 GCB; 1999. С. 45–56. [Google Scholar]
78. Li W, Jaroszewski L, Godzik A. Кластеризация высоко гомологичных последовательностей для уменьшения размера больших баз данных белков. Биоинформа Oxf англ. 2001; 17: 282–3. дои: 10.1093/биоинформатика/17.3.282. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
79. Fu L, Niu B, Zhu Z, Wu S, Li W.
CD-HIT: ускорено для кластеризации данных секвенирования следующего поколения. Биоинформа Oxf англ. 2012;28:3150–2. doi: 10.1093/биоинформатика/bts565. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
80. Brown CT, Howe A, Zhang Q, Pyrkosz AB, Brom TH. Алгоритм без ссылок для вычислительной нормализации данных секвенирования дробовика. ArXiv12034802. Q-Био. 2012. http://arxiv.org/abs/1203.4802.
81. Байрох А., Бекманн Б., Ферро С., Гастайгер Э. Swiss-Prot: жонглирование между эволюцией и стабильностью. Кратко Биоинформ. 2004; 5:39–55. doi: 10.1093/наг/5.1.39. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
82. Международная инициатива по геному персика. Verde I, Abbott AG, Scalabrin S, Jung S, Shu S, et al. Высококачественный проект генома персика ( Prunus persica ) идентифицирует уникальные закономерности генетического разнообразия, одомашнивания и эволюции генома. Нат Жене. 2013;45:487–94. doi: 10.1038/ng.2586. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
83.
Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, et al. Геном тополя черного, Populus trichocarpa (Torr. & Grey) Science. 2006; 313:1596–604. doi: 10.1126/science.1128691. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
84. Jaillon O, Aury J-M, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, et al. Последовательность генома виноградной лозы предполагает наследственную гексаплоидизацию в основных типах покрытосеменных растений. Природа. 2007; 449: 463–7. doi: 10.1038/nature06148. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
85. Myburg AA, Grattapaglia D, Tuskan GA, Hellsten U, Hayes RD, Grimwood J, et al. Последовательность генома Eucalyptus grandis : глобальная древесная культура для получения клетчатки и энергии. Природа. 2014; 510:356–62. [PubMed] [Google Scholar]
86. Swarbreck D, Wilks C, Lamesch P, Berardini TZ, Garcia-Hernandez M, Foerster H, et al. Информационный ресурс Arabidopsis (TAIR): аннотация структуры и функций генов.
Нуклеиновые Кислоты Res. 2008; 36 (выпуск базы данных): D1009–14. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
87. Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, et al. BLAST+: архитектура и приложения. Биоинформатика BMC. 2009;10:421. doi: 10.1186/1471-2105-10-421. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
88. Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, et al. Онтология генов: инструмент для объединения биологии: Консорциум онтологий генов. Нат Жене. 2000; 25:25–9. дои: 10.1038/75556. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
89. Camon E, Barrell D, Brooksbank C, Magrane M, Apweiler R. Проект аннотации генной онтологии (GOA) – применение GO в SWISS-PROT, TreMBL и InterPro. Comp Funct Genomics. 2003; 4:71–4. doi: 10.1002/cfg.235. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
90. Hunter S, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, et al. InterPro: интегративная база данных сигнатур белков.
Нуклеиновые Кислоты Res. 2009; 37 (выпуск базы данных): D211–5. doi: 10.1093/nar/gkn785. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
91. Finn RD, Mistry J, Tate J, Coggill P, Heger A, Pollington JE, et al. База данных семейств белков Pfam. Нуклеиновые Кислоты Res. 2010; 38 (выпуск базы данных): D211–22. doi: 10.1093/nar/gkp985. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
92. Conesa A, Götz S, García-Gómez JM, Terol J, Talón M, Robles M. Blast2GO: универсальный инструмент для аннотирования, визуализации и анализа в исследованиях функциональной геномики. Биоинформа Oxf англ. 2005;21:3674–6. doi: 10.1093/биоинформатика/bti610. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
93. Томпсон Дж. Д., Хиггинс Д. Г., Гибсон Т. Дж. CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пробелы для конкретных позиций и выбора матрицы весов. Нуклеиновые Кислоты Res.
1994; 22:4673–80. doi: 10.1093/нар/22.22.4673. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
94. Ян З. PAML 4: филогенетический анализ методом максимального правдоподобия. Мол Биол Эвол. 2007; 24:1586–91. doi: 10.1093/molbev/msm088. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
95. Herrmann S, Munch J-C, Buscot F. Система культивирования гнотобиотиков с микрочеренками дуба для изучения специфического воздействия микобионтов на морфологию растений до и на ранней стадии образования эктомикоризы с помощью Paxillus involutus и Piloderma croceum . Новый Фитол. 1998; 138: 203–12. doi: 10.1046/j.1469-8137.1998.00105.x. [CrossRef] [Google Scholar]
96. Ward JH, Jr Иерархическая группировка для оптимизации целевой функции. J Am Stat Assoc. 1963; 58: 236–44. дои: 10.1080/01621459.1963.10500845. [CrossRef] [Google Scholar]
97. Suzuki R, Shimodaira H. Pvclust: пакет R для оценки неопределенности в иерархической кластеризации. Биоинформа Oxf англ.
2006; 22:1540–2. doi: 10.1093/биоинформатика/btl117. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
98. Stekel DJ, Git Y, Falciani F. Сравнение экспрессии генов из нескольких библиотек кДНК. Геном Res. 2000;10:2055–61. doi: 10.1101/gr.GR-1325RR. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
99. Андерс С., Хубер В. Анализ дифференциальной экспрессии для данных подсчета последовательностей. Геном биол. 2010;11:R106. doi: 10.1186/gb-2010-11-10-r106. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
100. Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK. edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов. Биоинформа Oxf англ. 2010;26:139–40. doi: 10.1093/биоинформатика/btp616. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
101. Mootha VK, Lindgren CM, Eriksson K-F, Subramanian A, Sihag S, Lehar J, et al. Гены, реагирующие на PGC-1альфа, участвующие в окислительном фосфорилировании, скоординированно подавлены при диабете человека.
Leave A Comment