Синоним драпал: Словарь синонимов sinonim.org

Drupal 9: Inbound и Outbound обработчики

Inbound Processor и Outbound Processor — сервисы с меткой path_processor_inbound и path_processor_outbound позволяющие программно обрабатывать входящие и исходящие пути сайта.

¶Введение

Inbound и Outbound обработчики используются Drupal для определения адреса, по которому обращается пользователь, а также, конвертирует исходящие системные адреса в необходимый вид.

Drupal и его API для маршрутизации всегда работают с внутренними системными путями. Но системные пути не всегда красивы и понятны, поэтому применяются ЧПУ или задаются синонимы путей. Inbound и Outbound обработчики отвечают за этот процесс.

Задача данных обработчиков — конвертировать исходящие системные пути в более понятные для пользователя и входящие в системные, которые понятны Drupal и коду.

Таким образом Drupal и код работают с системными адресами, независимо от того что видит в конечном итоге пользователь.

Благодаря данным «посредникам», синонимы путей не конфликтуют с системными и предоставляется больше свободы для настройки путей.

¶Outbound Processor — исходящие пути

Outbound Processor (path_processor_outbound) — обработчик исходящих путей сайта. Задача данного обработчика, конвертировать системный путь в более человекопонятный. Например путь /node/123 превратить в /about. Таким образом, все ссылки ведущие на /node/123 будут автоматически конвертироваться в /about.

¶Создание Outbound Processor

Для реализации Outbound Processor необходимо чтобы класс сервиса реализовывал Drupal\Core\PathProcessor\OutboundPathProcessorInterface

. Данный интерфейс требует реализовать метод ::processOutbound со следующими параметрами:

• $path: Текущий путь который проходит обработку. Из примера это /node/123.
• $options: Массив опций для URL.
  • 'query': Массив параметров для пути (query).
  • 'fragment': Фрагмент пути — якорь (#foo-bar).
  • 'absolute': Логический индикатор должен ли сгенерированный путь быть абсолютным. По умолчанию FALSE если не заданого иного.
  • 'language': Объект с языком для которого генерируется путь. Если данное значение отсутствует, значит путь генерируется для текущего активного языка.
  • 'https': Логический индикатор, должен ли путь быть принудительно с HTTPS протоколом. По умолчанию используется текущий протокол.
  • 'base_url': Базовый URL сайта — домен (example.com). Позволяет поменять домен. Например если для разных языков используются разные домены.
  • 'prefix': Префикс базового URL сайта — поддомен (foo.example.com). Позволяет скорректировать префикс пути. Например если для разных языков используются разные поддомены.
  • 'route': Объект маршрута для текущего $path.
• $request: Объект текущего запроса.
• $bubbleable_metadata: Объект для сбора кеш-метаданных.

Метод должен вернуть путь который будет использоваться в URL.

Пример конвертации /node/123 в /about:

services:
  example.example_outbound_processor:
    class: Drupal\example\PathProcessor\ExampleOutboundProcessor
    tags:
      - { name: path_processor_outbound }

<?php
namespace Drupal\example\PathProcessor;
use Drupal\Core\PathProcessor\OutboundPathProcessorInterface;
use Drupal\Core\Render\BubbleableMetadata;
use Symfony\Component\HttpFoundation\Request;
/**
 * Provides custom outbound processor.
 */
final class ExampleOutboundProcessor implements OutboundPathProcessorInterface {
  /**
   * {@inheritdoc}
   */
  public function processOutbound($path, &$options = [], Request $request = NULL, BubbleableMetadata $bubbleable_metadata = NULL) {
    if ($path == '/node/123') {
      $path = '/about';
    }
    return $path;
  }
}

¶Inbound Processor — входящие пути

Inbound Processor (path_processor_inbound) — обработчик входящих путей сайта.

Задача данного обработчика, конвертировать входящий человекопонятный путь в системный. Например путь /about превратить в /node/123. Таким образом, все входящие запросы на /about «внутри» будут трактованы как /node/123, система маршрутизации найдёт системный путь /node/{nid} и корректно вызовет все обработчики для страницы. Это позволяет бэкенд логике не опираться на нестабильные пути, а всегда работать с системными.

¶Создание Inbound Processor

Для реализации Inbound Processor необходимо чтобы класс сервиса реализовывал Drupal\Core\PathProcessor\InboundPathProcessorInterface. Данный интерфейс требует реализовать метод ::processInbound со следующими параметрами:

• $path: Текущий путь который проходит обработку. Из примера это /about.
• $request: Объект текущего запроса.

Метод должен вернуть системный путь чтобы Drupal понял как его обрабатывать.

Пример конвертации /about в /node/123

services:
  example.example_inbound_processor:
    class: Drupal\example\PathProcessor\ExampleInboundProcessor
    tags:
      - { name: path_processor_inbound }

<?php
namespace Drupal\example\PathProcessor;
use Drupal\Core\PathProcessor\InboundPathProcessorInterface;
use Symfony\Component\HttpFoundation\Request;
/**
 * Provides custom inbound processor.
 */
final class ExampleInboundProcessor implements InboundPathProcessorInterface {
  /**
   * {@inheritdoc}
   */
  public function processInbound($path, Request $request) {
    if ($path == '/about') {
      $path = '/node/123';
    }
    return $path;
  }
}

¶Модуль Path Alias

Drupal предоставляет стандартный модуль Path Alias (path_alias), который реализует систему алиасов и ЧПУ (сервис path_alias.path_processor).

Данный модуль создаёт специальную сущность в которой хранит соответствия системного пути и алиаса для него. Затем, при входящих и исходящих запросах он, на основе данных соответствий конвертирует пути в обе стороны.

Так, задав материалу /node/123, через административный интерфейс, синоним /about, он будет сохранён и проходить через эти обработки.

¶Ссылки

• Drupal 8: Inbound и Outbound Processor, Niklan, 2018.
• Программная реализация ЧПУ, xandeadx, 2020.

Многоязычность и перевод интерфейса — ELiS 1.2 documentation

Во многих случаях может потребоваться перевод метаданных и локализация интерфейса. Например, для научных статей может потребоваться перевод заголовка, имен авторов и анонса.

ELiS использует встроенную в Drupal систему перевода. Для Drupal существует два основных модуля перевода: Internatiolization и Entity translation. Отличаются они подходом к переводу. Первый модуль создает на каждый перевод новую ноду, что является неприемлемым в ситуации когда надо перевести только метаданные к статье или книге.

Второй модуль включен в ядро Drupal8 и позволяет отдельно переводить некоторые поля (field) ноды.

ELiS поддерживает локализацию только с помощью второго модуля (Entity translation). Процесс включения и проведения локализации ничем не отличается от стандартного использования этого модуля и может осуществляться по существующей документации и инструкциям к Drupal.

Note

В некоторых случаях автоматический выбор языка не используется и пользователи увидят локализацию на языке по-умолчанию.

Warning

Если вы планируете поддержку многоязычности, рекомендуется ее включить на ранних стадиях внедрения проекта.

Warning

Все ноды должны в качестве основной (базовой) иметь ноду без указания языка.

Настройка

Настройка модуля Entity translation

После включения модуля Entity translation следует настроить режим переключения языка на сайте (http://example.com/admin/config/regional/language/configure). ELiS не совместима с режимами переключения на основе URL (домена или суфикса). Для совместимости перевода с мобильным приложением требуется активировать определение языка на основе параметров запроса/сессии. Переключение языка на основе настроек пользователя или браузера остается на усмотрение администратора сайта.

Выбор способа определения языка пользователя

После активации модуля, администратору следует активировать локализацию полей для выбранных им типов контента.

В виду внутренней архитектуры Drupal, для перевода названия нод необходимо установить дополнительный модуль title. При активации этого модуля требуется дополнительная настройка поискового сервера Sphinx, чтобы локализованные названия попали в поисковый индекс.

Процесс перевода документов

Редактор сайта, при просмотре материала, увидит вкладку “Переводы” (Translate), на которой он сможет добавить переводы к текущей ноде (документу):

Добавление перевода ноды

Результаты перевода

В зависимости от выбранного языка, по одному и тому же URL пользователи будут видеть переведенную страницу. При помощи параметра language можно переключить интерфейс на другой язык.

Приложения автоматически запрашивают информацию на языке по-умолчанию операционной системы. Если язык приложения не поддерживается со стороны сайта, происходит переключение на язык сайта по-умолчанию.

Результаты локализации

Локализация приложения

Пример

http://elis.gpntb.ru/node/300?language=en

http://elis.gpntb.ru/node/300?language=ru

Если пользователь из Бразилии зайдет в библиотеку с активированными локализациями для английского (язык по-умолчанию) и русского, то каталог и метаданные книги он увидит в английской локализации.

Поиск в многоязычной среде

При переключении на многоязычную среду с переводом заглавий документов с помощью модуля title, поиск перестанет индексировать новые заглавия т.к. они начнут размещаться в специальной таблице field_data_title_field.

Чтобы вернуть индексирование заголовков, необходимо исправить конфигурацию поискового сервера Sphinx, удалить в sql_query:

node. title as title

и добавив соединение:

sql_joined_field = title from query; \
        SELECT n.nid, title_field.title_field_value as title FROM node as n \
                LEFT JOIN field_data_title_field as title_field on title_field.entity_id = n.nid and n.vid = title_field.revision_id and title_field.entity_type = 'node' ORDER BY n.nid ASC

Возможные проблемы

Нельзя перевести ноду

Ноду нельзя перевести если ей не задан конкретный язык (language neutral). Установите один из языков и, после сохранения ноды, появится возможность добавить перевод.

Проблемы с переводом меню

В многоязычной среде может потребоваться установка английского в качестве языка по-умолчанию.

Для некоторых локализаций в мобильном приложении не отображается каталог

При подключении нового языка убедитесь, что служебный синоним catalog установлен на какую-либо ноду каталога на всех языках. В Drupal синонимы для разных языков могут быть установлены на разные ноды, а для работы каталога в мобильных приложениях в качестве точки входа в каталог используется нода на которую направляет синоним catalog на текущем языке локализации.

Оптимизация для внешних поисковых систем

Поисковые системы могут автоматически направлять пользователя на книгу на нужном языке в случае добавления на каждую страницу специализированных ссылок с атрибутом hreflang. Включить нужный функционал можно с помощью стороннего модуля hreflang.

Метаболитное профилирование характеризует хемотипы диплоидов и триплоидов Musa на ювенильной и предцветущей стадиях роста

1. Janssens SB, et al. Эволюционная динамика и биогеография Musaceae выявляют корреляцию между разнообразием семейства банановых и геологической и климатической историей Юго-Восточной Азии. Новый фитолог. 2016; 210:1453–1465. doi: 10.1111/nph.13856. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Perrier X, et al. Междисциплинарные взгляды на одомашнивание бананов (Musa spp.). Proc Natl Acad Sci USA. 2011;108:11311–11318. doi: 10.1073/pnas.1102001108. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. De Langhe E, Vrydaghs L, de Maret P, Perrier X, Denham T. Почему бананы имеют значение: введение в историю одомашнивания бананов. Исследования и приложения в области этноботаники. 2009;7:13. [Google Scholar]

4. Ploetz, R., Kepler, A., Daniells, J. & Nelson, S. Банан и подорожник – обзор с акцентом на сортах тихоокеанских островов [Musacea (семейство бананов)]. Профили видов для агролесоводства на островах Тихого океана (Постоянные сельскохозяйственные ресурсы, Холуалоа, Гавайи) (2007 г.).

5. Симмондс Н.В., Шеперд К. Таксономия и происхождение культивируемых бананов. Журнал Линнеевского общества Лондона, Ботаника. 1955; 55: 302–312. doi: 10.1111/j.1095-8339.1955.tb00015.x. [CrossRef] [Google Scholar]

6. Nations, F.A.O.o. т. U. В Бананы факты и цифры . (ФАО, Рим, 2014 г.).

7. Хеслоп-Харрисон Дж.С., Шварцахер Т. Одомашнивание, геномика и будущее бананов. Анналы ботаники. 2007; 100:1073–1084. doi: 10.1093/aob/mcm191. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. де Хесус О. Н. и др. Генетическое разнообразие и популяционная структура образцов Musa при сохранении ex situ. BMC Биология растений. 2013;13:41. дои: 10.1186/1471-2229-13-41. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Ортиз Р., Свеннен Р. От скрещивания к биотехнологическому улучшению банана и подорожника. Достижения биотехнологии. 2014; 32:158–169. doi: 10.1016/j.biotechadv.2013.09.010. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Padmesh P, et al. Изучение диких генетических ресурсов Musa acuminata Colla, распространенных во влажных лесах южных Западных Гат на полуострове Индии, с использованием маркеров ISSR. Отчеты о растительных клетках. 2012;31:1591–1601. doi: 10.1007/s00299-012-1273-5. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

11. Ordonez N, et al. Худшее доходит до худшего: бананы и панамская болезнь — когда встречаются клоны растений и патогенов. ПЛОС Патогены. 2015;11:e1005197. doi: 10.1371/journal.ppat.1005197. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Englberger L, et al. Содержание каротиноидов и цвет мякоти отдельных сортов бананов, произрастающих в Австралии. Бюллетень о еде и питании. 2006; 27: 281–291. doi: 10.1177/156482650602700401. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

13. Руас, М. и др. . В базе данных Vol. 2017 (2017).

14. Carreel F, et al. Установление материнской и отцовской линии Musa с помощью анализа хлоропластов и митохондриальной ДНК RFLP. Геном. 2002; 45: 679–692. doi: 10.1139/g02-033. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. Юссеф М., Джеймс А.С., Ривера-Мадрид Р., Ортис Р., Эскобедо-Грация Медрано Р.М. Генетическое разнообразие Musa, выявленное SRAP и AFLP. Молекулярная биотехнология. 2011;47:189–199. doi: 10.1007/s12033-010-9328-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Кристелова, П. и др. . Платформа для эффективного генотипирования Musa с использованием микросателлитных маркеров. ЗАВОДЫ AoB 2011 (2011). [Бесплатная статья PMC] [PubMed]

17. Čížková J, et al. Молекулярно-цитогенетическая характеристика диких видов Musa. ПЛОС ОДИН. 2015;10:e0134096. doi: 10.1371/journal.pone.0134096. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Ude G, Pillay M, Nwakanma D, Tenkouano A. Генетическое разнообразие Musa acuminata Colla и Musa balbisiana Colla и некоторых их естественных гибридов с использованием маркеров AFLP . Теоретическая и прикладная генетика. 2002; 104:1246–1252. doi: 10.1007/s00122-002-0914-4. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Кумар Р., Бора А., Пандей А. К., Пандей М. К. и Кумар А. Метаболомика для улучшения растений: состояние и перспективы. Frontiers in Plant Science 8 (2017). [Бесплатная статья PMC] [PubMed]

20. Pandey A, et al. Полногеномный анализ экспрессии и профилирование метаболитов разъясняют транскрипционную регуляцию биосинтеза и модуляции флавоноидов при абиотических стрессах в банане. Научные отчеты. 2016;6:31361. doi: 10.1038/srep31361. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Halket JM, et al. Химическая дериватизация и библиотеки масс-спектров в метаболическом профилировании с помощью ГХ/МС и ЖХ/МС/МС. J Опытный бот. 2005; 56: 219–243. doi: 10.1093/jxb/eri069. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. Li L-F, et al. Происхождение и одомашнивание культивируемых бананов на основе хлоропластов и ядерных генов. ПЛОС ОДИН. 2013;8:e80502. doi: 10.1371/journal.pone.0080502. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Удэ Г., Пиллэй М., Нваканма Д., Тенкуано А. Анализ генетического разнообразия и секционных взаимосвязей у Musa с использованием маркеров AFLP. Теоретическая и прикладная генетика. 2002;104:1239–1245. doi: 10.1007/s00122-001-0802-3. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Muiruri KS, et al. Филогенез доминантных аллелей и определение гаплотипа конститутивного субгенома в бананах с использованием митохондриальных и ядерных маркеров. Геномная биология и эволюция. 2017;9:2510–2521. doi: 10.1093/gbe/evx167. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Martin G, et al. На эволюцию генома банана (Musa acuminata) влияют большие хромосомные транслокации. Молекулярная биология и эволюция. 2017;34:2140–2152. дои: 10.1093/молбев/msx164. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Perrier, X. Объединение биологических подходов для прояснения эволюции съедобных бананов. 2009 7 , 18, (2009).

27. De Langhe E, Hřibová E, Carpentier S, Doležel J, Swennen R. Способствовало ли обратное скрещивание возникновению гибридных съедобных бананов? Анналы ботаники. 2010; 106: 849–857. doi: 10.1093/aob/mcq187. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Boonruangrod R, Fluch S, Burg K. Выяснение происхождения современных гибридных сортов бананов с использованием информации о последовательности 5’ETS рДНК. Молекулярная селекция. 2009; 24:77–91. doi: 10.1007/s11032-009-9273-z. [CrossRef] [Google Scholar]

29. Ude G, Pillay M, Ogundiwin E, Tenkouano A. Генетическое разнообразие в основной коллекции африканского подорожника с использованием маркеров AFLP и RAPD. Теоретическая и прикладная генетика. 2003; 107: 248–255. doi: 10.1007/s00122-003-1246-8. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

30. Risterucci AM, et al. Разработка и оценка технологии Diversity Arrays для высокопроизводительного анализа ДНК в Musa. Теория Appl Genet. 2009; 119:1093–1103. doi: 10.1007/s00122-009-1111-5. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. De Langhe E, Perrier X, Donohue M, Denham TP. Первоначальный банановый раскол: междисциплинарные последствия образования африканских и тихоокеанских подорожников на островах Юго-Восточной Азии. Исследования и приложения в области этноботаники. 2015;14:14. дои: 10.17348/эра.14.0.299-312. [CrossRef] [Google Scholar]

32. Ван X-L, Чанг T-Y, Ру N, Хао G, Ge X-J. Генетическое разнообразие дикого банана (Musa balbisiana Colla) в Китае, выявленное с помощью маркеров AFLP. Генет Ресурс Кроп Эвол. 2007;54:1125–1132. doi: 10.1007/s10722-006-9004-9. [CrossRef] [Google Scholar]

33. Ахмад Ф., Мегиа Р., Поэрба Ю.С. Генетическое разнообразие Musa balbisiana Colla в Индонезии на основе маркера AFLP. Журнал биологических наук HAYATI. 2014;21:39–47. doi: 10.4308/hjb.21.1.39. [Перекрестная ссылка] [Академия Google]

34. Крауч Дж. Х. и соавт. Сравнение анализов молекулярных маркеров на основе ПЦР размножающихся популяций Musa. Молекулярная селекция. 1999; 5: 233–244. doi: 10.1023/A:1009649521009. [CrossRef] [Google Scholar]

35. Наяр, Н. М. In Horticultural Reviews . 117–164 (John Wiley & Sons, Inc., 2010).

36. Kundapura Venkataramana R, Hastantram Sampangi-Ramaiah M, Ajitha R, N. Khadke G, Chellam V. Взгляд на расхождение видов Musa balbisiana и Musa acuminata и развитие генных микросателлитов с помощью транскриптомного подхода. Завод . Ген. 2015; 4:78–82. [Google Scholar]

37. Carpentier SC, et al. Использование 2D-электрофореза и секвенирования de novo для характеристики меж- и внутрисортовых белковых полиморфизмов в аллополиплоидных культурах. Фитохимия. 2011;72:1243–1250. doi: 10.1016/j.phytochem.2010.10.016. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Берри Дж. О., Еррамсетти П., Зелински А. М., Муре К. М. Экспрессия фотосинтетических генов у высших растений. Исследования фотосинтеза. 2013; 117: 91–120. doi: 10.1007/s11120-013-9880-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

39. Сугиура М. Геном хлоропластов. Очерки биохимии. 1995; 30:49–57. [PubMed] [Google Scholar]

40. Dutta S, Mohanty S, Tripathy BC. Роль температурного стресса в биогенезе хлоропластов и импорте белков у гороха. Физиология растений. 2009; 150:1050–1061. doi: 10.1104/стр.109.137265. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Peel MC, Finlayson BL, McMahon TA. Обновленная карта мира по классификации климата Кеппен-Гейгера. гидрол. Земля Сист. науч. 2007; 11:1633–1644. дои: 10.5194/гесс-11-1633-2007. [CrossRef] [Google Scholar]

42. Li L-F, Häkkinen M, Yuan Y-M, Hao G, Ge X-J. Молекулярная филогения и систематика семейства бананов (Musaceae), выведенные из множества ядерных и хлоропластных фрагментов ДНК, с особым упором на род Musa. Молекулярная филогенетика и эволюция. 2010;57:1–10. doi: 10.1016/j.ympev.2010.06.021. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Nwakanma DC, Pillay M, Okoli BE, Tenkouano A. Отношения секций в роде Musa L., полученные на основе ПЦР-ПДРФ последовательностей ДНК органелл. Теоретическая и прикладная генетика. 2003; 107: 850–856. doi: 10.1007/s00122-003-1340-y. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

44. Ewané CA, Lepoivre P, de Lapeyre de Bellaire L, Lassois L. Участие фенольных соединений в восприимчивости бананов к корневой гнили. Обзор. BASE [En ligne] 2012;16:393–404. [Google Scholar]

45. Gall HL, et al. Метаболизм клеточной стенки в ответ на абиотический стресс. Растения. 2015;4:112–166. doi: 10.3390/plants4010112. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Guidotti BB, Gomes BR, Siqueira-Soares RDC, Soares AR, Ferrarese-Filho O. Влияние дофамина на рост корней и активность ферментов сои рассада. Сигнализация и поведение растений. 2013;8:e25477. doi: 10.4161/psb.25477. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Sanchez Timm E, et al. Идентификация генов с дифференциальной экспрессией в ответ на Mycosphaerella fijiensis в устойчивом образце Musa «Калькутта-4» с использованием субтрактивной гибридизации с подавлением. ПЛОС Один. 2016;11:e0160083. doi: 10.1371/journal.pone.0160083. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

48. Miller RNG, et al. Анализ аналогов гена устойчивости NBS-LRR без TIR у Musa acuminata Colla: выделение, развитие RFLP-маркера и физическое картирование. BMC Биология растений. 2008; 8:15–15. дои: 10.1186/1471-2229-8-15. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

49. Teo CH, et al. Конституция генома и классификация с использованием маркеров на основе ретротранспозонов в банане-сироте. Журнал биологии растений. 2005; 48: 96–105. doi: 10.1007/BF03030568. [CrossRef] [Google Scholar]

50. Gawel N, Jarret RL. Цитоплазматическое генетическое разнообразие бананов и бананов. Эвфитика. 1991; 52:19–23. [Google Scholar]

51. Jeridi M, et al. Гомеологическое спаривание хромосом между геномами A и B Musa spp. выявлено геномным гибридизация in situ . Энн Бот. 2011; 108: 975–981. doi: 10.1093/aob/mcr207. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

52. Daniells, J., Jenny, C., Karamura, D. & Tomekpe, K. Musalogue: каталог зародышевой плазмы Musa. Разнообразие рода Musa . (Международная сеть по улучшению бананов и подорожников, 2001 г.).

53. Вальмайор, Р. В. и др. . Названия и синонимы сортов бананов в Юго-Восточной Азии . (Региональное бюро ИНИБАП для Азии и Тихого океана, 2000 г.).

54. Урбан Л., Лу П., Тибо Р. Ингибирующее влияние цветения и раннего роста плодов на фотосинтез листьев манго. Физиол дерева. 2004; 24: 387–399. doi: 10.1093/treephys/24.4.387. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

55. Грейнджер Дж. МЕТАБОЛИЗМ И ЦВЕТЕНИЕ. Анналы прикладной биологии. 1940; 27: 311–322. doi: 10.1111/j.1744-7348.1940.tb07503.x. [CrossRef] [Google Scholar]

56. Прайс Э.Дж., Бхаттачарджи Р., Лопес-Монтес А., Фрейзер П.Д. Профилирование метаболитов образцов ямса (Dioscorea spp.) для использования в программах улучшения сельскохозяйственных культур. Метаболомика. 2017;13:144. doi: 10.1007/s11306-017-1279-7. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

57. Drapal M, et al. Идентификация метаболитов, связанных с реакцией на водный стресс в клонах Solanum tuberosum L.. Фитохимия. 2017; 135:24–33. doi: 10.1016/j.phytochem.2016.12.003. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

58. Наяр, Н. Бананы: ботаника, происхождение, распространение. В обзорах садоводства (изд. Яник, Дж.) Ch. 2, 117–164 (John Wiley & Sons, Inc., 2010).

59. Гутьеррес Э. и др. Транскриптомика, целевая метаболомика и экспрессия генов в листьях и плодах ежевики указывают на метаболический поток флавоноидов из листьев в красные плоды. Границы в науке о растениях. 2017;8:472. doi: 10.3389/fpls.2017.00472. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

60. Shahat, A.A. & Marzouk, M.S. In Исследования лекарственных растений в Африке (ред. Kuete, V.) Ch. 13, 479–555 (Эльзевир, 2013).

61. Hu W, et al. Сравнительный физиологический и транскриптомный анализы дают комплексное представление об осмотических, холодовых и солевых механизмах устойчивости бананов. Научные отчеты. 2017;7:43007. doi: 10.1038/srep43007. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

62. Li C-Y, et al. Профилирование транскриптома устойчивых и восприимчивых корней банана Кавендиш после инокуляции Fusarium oxysporum f. сп. Cubanse Tropical Race 4. BMC Genomics. 2012;13:374. дои: 10.1186/1471-2164-13-374. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

63. Singh P, et al. Пространственный анализ транскриптома дает представление о ключевых генах, участвующих в биосинтезе стероидных сапонинов в лекарственном растении Trillium govanianum. Научные отчеты. 2017;7:45295. doi: 10.1038/srep45295. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

64. Sandoval J, Muller L, Weberling F. Морфология и анатомия листьев Musa cv. Растения Grande Naine (AAA) , выращенные in vitro и во время закаливания, по сравнению с полевыми растениями. Фрукты. 1994; 49:37–46. [Google Scholar]

65. Us-Camas R, Rivera-Solís G, Duarte-Aké F, De-la-Peña C. Культура in vitro: эпигенетический вызов для растений. Растительные клетки, культуры тканей и органов (PCTOC) 2014; 118:187–201. doi: 10.1007/s11240-014-0482-8. [Перекрестная ссылка] [Академия Google]

66. Прайс Э.Дж., Уилкин П., Сарасан В., Фрейзер П.Д. Профилирование метаболитов видов Dioscorea (батат) выявляет недостаточно используемое биоразнообразие и возобновляемые источники ценных соединений. Научные отчеты. 2016;6:29136. doi: 10.1038/srep29136. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

67. Nogueira M, Mora L, Enfissi EM, Bramley PM, Fraser PD. Секвестрация каротиноидов в субхромопластах влияет на регуляторные механизмы у линий томатов, экспрессирующих различные комбинации генов каротиноидов. Растительная клетка. 2013;25:4560–4579. doi: 10.1105/tpc.113.116210. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

68. Fernie AR, et al. Рекомендации по представлению данных о метаболитах. Растительная клетка. 2011;23:2477–2482. doi: 10.1105/tpc.111.086272. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

69. Sumner LW, et al. Предлагаемые минимальные стандарты отчетности для химического анализа. Метаболомика. 2007; 3: 211–221. doi: 10.1007/s11306-007-0082-2. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

70. Shahaf N, et al. Построение поверхности ошибки измерения массы для улучшения автоматических аннотаций в метаболомике на основе жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии. Быстрый общественный масс-спектр. 2013;27:2425–2431. doi: 10.1002/rcm.6705. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

71. Wehrens R, Bloemberg TG, Eilers PH. Быстрая параметрическая временная деформация списков пиков. Биоинформатика. 2015;31:3063–3065. doi: 10.1093/bioinformatics/btv299. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

72. Fraser PD, Pinto MES, Holloway DE, Bramley PM. Применение высокоэффективной жидкостной хроматографии с детектированием фотодиодной матрицы для метаболического профилирования изопреноидов растений. Журнал растений. 2000; 24: 551–558. doi: 10.1046/j.1365-313x.2000.00896.х. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

73. Addinsoft. Решение для статистики и анализа данных XLSTAT (2019 г.).

Полногеномный анализ экспрессии локусов количественных признаков (eQTL) раскрывает регуляторную архитектуру изменчивости экспрессии генов в запасающих корнях сладкого картофеля

1. Liu Q. Улучшение агрономически важных признаков с помощью генной инженерии в сладком картофеле. Порода. науч. 2017;67:15–26. doi: 10.1270/jsbbs.16126. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Ван А. и соавт. Сравнительное исследование метаболизма флавоноидов в батате с разной окраской мякоти ( Ipomoea batatas (L.) Lam) Food Chem. 2018; 260:124–134. doi: 10.1016/j.foodchem.2018.03.125. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Arumuganathan K, Earle ED. Содержание ядерной ДНК некоторых важных видов растений. Завод Мол. биол. Представитель 1991; 9: 208–218. doi: 10.1007/BF02672069. [CrossRef] [Google Scholar]

4. Yang J, et al. Геном сладкого картофеля с разрешением гаплотипа прослеживает историю его гексаплоидизации. Нац. Растения. 2017;3:696–703. doi: 10.1038/s41477-017-0002-z. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

5. Wu S, et al. Геномные последовательности двух диплоидных диких родственников культивируемого сладкого картофеля выявили мишени для генетического улучшения. Нац. коммун. 2018;9:4580. doi: 10.1038/s41467-018-06983-8. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Li M, et al. Геном дикого сладкого картофеля ( Ipomoea trifida ) дает представление о развитии запасающих корней. BMC Растение Биол. 2019;19:119. doi: 10.1186/s12870-019-1708-з. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

7. Ding N, et al. Идентификация и анализ семейства генов глутатион-S-трансферазы в сладком картофеле выявили расходящиеся GST-опосредованные сети в надземных и подземных тканях в ответ на абиотические стрессы. BMC Растение Биол. 2017;17:225. doi: 10.1186/s12870-017-1179-z. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Dong T, et al. RNA-Seq и iTRAQ выявили множественные пути, участвующие в формировании и развитии запасающих корней у сладкого картофеля (9).0009 Ipomoea batatas L .) BMC Plant Biol. 2019;19:136. doi: 10.1186/s12870-019-1731-0. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Окада Ёсихиро, Монден Юки, Нокихара Каноко, Ширасава Кента, Исобе Сатико, Тахара Макото. Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) урожайности и устойчивости к долгоносикам сладкого картофеля (Ipomoea batatas (L. ) Lam) Отчеты о растительных клетках. 2019;38(11):1383–1392. doi: 10.1007/s00299-019-02445-7. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Геменет Доркус С., да Силва Перейра Гильерме, Де Боек Берт, Вуд Джошуа С., Моллинари Марсело, Олуколу Боде А., Диас Федерико, Москера Вероника, Ссали Рубен Т. ., Дэвид Мария, Китави Мерси Н., Бургос Габриэла, Фельде Томас Зум, Гислен Марк, Кэри Эдвард, Суонкерт Джолиен, Коин Лахлан Дж. М., Фей Чжанцзюнь, Гамильтон Джон П., Яда Бенард, Йенчо Г. Крейг, Цзэн Чжао-Банг , Мванга Роберт О.М., Хан Аваис, Грюнеберг Вольфганг Дж., Бьюэлл С. Робин. Количественные анализы локусов признаков и дифференциальной экспрессии генов раскрывают генетическую основу отрицательно связанного содержания β-каротина и крахмала в гексаплоидном сладком картофеле [Ipomoea batatas (L.) Lam.] Теоретическая и прикладная генетика. 2019;133(1):23–36. doi: 10.1007/s00122-019-03437-7. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

11. Sasai R, et al. Разработка молекулярных маркеров, связанных с устойчивостью к Meloidogyne incognita, путем проведения количественного анализа локуса признаков и исследования ассоциации всего генома у сладкого картофеля. Рез. ДНК 2019;26:399–409. doi: 10.1093/dnares/dsz018. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. King MC, Wilson AC. Эволюция на двух уровнях у человека и шимпанзе. Наука. 1975;188:107–16.. doi: 10.1126/science.10

. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Wang X, et al. Полногеномный анализ транскрипционной изменчивости в большой популяции кукурузы-теосинте. Мол. Растение. 2018; 11: 443–459. doi: 10.1016/j.molp.2017.12.011. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. Schmid M, et al. Карта экспрессии генов развития Arabidopsis thaliana . Нац. Жене. 2005; 37: 501–506. doi: 10.1038/ng1543. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

15. Ван Дж. и соавт. Анализ совместной экспрессии, управляемый локусами количественных признаков экспрессии, для построения регуляторной сети с использованием популяции рекомбинантных инбредных линий риса. Дж. Эксп. Бот. 2014;65:1069–1079. doi: 10.1093/jxb/ert464. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Gaffney DJ, et al. Анализ регуляторной архитектуры QTL экспрессии генов. Геном биол. 2012;13:R7. doi: 10.1186/gb-2012-13-1-r7. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Гилад Ю., Рифкин С.А., Притчард Дж.К. Выявление архитектуры регуляции генов: перспективы исследований eQTL. Тенденции Жене. 2008; 24:408–415. doi: 10.1016/j.tig.2008.06.001. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Druka A, et al. Анализ локусов экспрессии количественных признаков у растений. Биотехнология растений. Дж. 2010; 8:10–27. doi: 10.1111/j.1467-7652.2009.00460.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Zan Y, Shen X, Forsberg SK, Carlborg O. Генетическая регуляция транскрипционных вариаций в природе Arabidopsis thaliana образцов. Г3. 2016;6:2319–2328. doi: 10.1534/g3.116.030874. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Zhang L, et al. Секвенирование РНК дает представление об эволюции салата и регуляции биосинтеза флавоноидов. Нац. коммун. 2017;8:2264. doi: 10.1038/s41467-017-02445-9. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Fu J, et al. Секвенирование РНК выявляет сложную регуляторную сеть в зерне кукурузы. Нац. коммун. 2013;4:2832. doi: 10.1038/ncomms3832. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

22. Лю Хайцзюнь, Луо Синь, Ню Луяо, Сяо Инцзе, Чен Лу, Лю Цзе, Ван Сяцин, Цзинь Минлян, Ли Вэньцян, Чжан Цинхуа, Ян Цзяньбин. Удаленные eQTL и некодирующие последовательности играют решающую роль в регуляции экспрессии генов и количественной изменчивости признаков у кукурузы. Молекулярный завод. 2017;10(3):414–426. doi: 10.1016/j.molp.2016.06.016. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Zhu G, et al. Перестройка метаболома плодов в селекции томатов. Клетка. 2018;172:249–261.e12. doi: 10.1016/j.cell.2017.12.019. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Галпаз Навот, Гонда Итай, Шем-Тов Дорон, Барад Омер, Цури Галил, Лев Шери, Фей Чжанцзюнь, Сюй Иминь, Мао Линьонг, Цзяо Чен, Харел-Бежа Ротем , Дорон-Файгенбойм Ади, Цфадия Орен, Бар Эйнат, Меир Айала, Саар Узи, Фаит Аарон, Гальперин Эран, Кенигсвальд Мерав, Фалик Элазар, Ломбарди Надя, Кол Гай, Ронен Гиль, Бургер Йосеф, Гур Амит, Тадмор Я’ аков, Портной Виталий, Шаффер Артур А. , Левинсон Эфраим, Джованнони Джеймс Дж., Кацир Нурит. Расшифровка генетических факторов, которые определяют признаки качества плодов дыни, с использованием картирования QTL высокого разрешения и eQTL на основе РНК-Seq. Журнал растений. 2018;94(1):169–191. doi: 10.1111/tpj.13838. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. M. Национальный центр геномных данных и партнеры, Ресурсы базы данных Национального центра геномных данных в 2020 г. Nucleic Acids Res . 48 , Д24–Д33 (2020). [Бесплатная статья PMC] [PubMed]

26. Н.Р. Координаторы ресурсов базы данных Национального центра биотехнологической информации. Рез. нуклеиновых кислот . 46 , Д8–Д13 (2018). [Бесплатная статья PMC] [PubMed]

27. Gutiérrez, F. Обнаружение SNP в аллополиплоидных культурах с использованием данных NGS, 19 (Wageningen University, 2017).

28. Cingolani P, et al. Программа для аннотирования и прогнозирования эффектов однонуклеотидных полиморфизмов, SnpEff. Летать. 2012; 6: 80–92. doi: 10.4161/fly.19695. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Kiss JZ, Mullen JL, Correll MJ, Hangarter RP. Фитохромы А и В опосредуют положительный фототропизм корней, индуцированный красным светом. Завод Физиол. 2003; 131:1411–1417. doi: 10.1104/стр.013847. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Fujita Y, et al. AREB1 является активатором транскрипции новой ABRE-зависимой передачи сигналов ABA, которая повышает устойчивость к засухе у Arabidopsis . Растительная клетка. 2005; 17:3470–3488. doi: 10.1105/tpc.105.035659. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Clark RM, et al. Общие полиморфизмы последовательностей, формирующие генетическое разнообразие у Arabidopsis thaliana . Наука. 2007; 317: 338–342. doi: 10.1126/science.1138632. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

32. Lai J, et al. Полногеномные модели генетической изменчивости среди элитных инбредных линий кукурузы. Нац. Жене. 2010;42:1027–1030. doi: 10.1038/ng.684. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

33. Li B, Dewey CN. RSEM: точная количественная оценка транскриптов по данным RNA-Seq с эталонным геномом или без него. БМК Биоинформа. 2011;12:323. дои: 10.1186/1471-2105-12-323. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Shewry PR. Запасные белки клубней. Анна. Бот. 2003;91: 755–769. doi: 10.1093/aob/mcg084. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. Rae GM, David K, Wood M. Маркер покоя DRM1/ARP, связанный с покоем, но более широкая роль в planta. Дев. биол. Дж. 2013; 2013:12. doi: 10.1155/2013/632524. [CrossRef] [Google Scholar]

36. Kang HM, et al. Модель компонента дисперсии для учета структуры выборки в полногеномных ассоциативных исследованиях. Нац. Жене. 2010;42:348–354. doi: 10.1038/ng.548. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Мано Х., Огасавара Ф., Сато К., Хиго Х., Минобе Ю. Выделение регуляторного гена биосинтеза антоцианов в клубневых корнях сладкого картофеля с пурпурной мякотью. Завод Физиол. 2007; 143:1252–1268. doi: 10.1104/стр.106.094425. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Танака М., Курата Р., Накаяма Х. и Йошинага М. Структурная и функциональная характеристика генов IbMYB1 у современных японцев сорта сладкого картофеля с пурпурной мякотью. Мол. Порода. 29 , 565–574 (2012).

39. Драпал М., Россель Г., Хайдер Б., Фрейзер П.Д. Разнообразие метаболизма в листьях и корнеплодах сладкого картофеля ( Ipomoea batatas , Lam.). Хортик. Рез. 2019;6:2. doi: 10.1038/s41438-018-0075-5. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Tohge T, de Souza LP, Fernie AR. Современное понимание путей биосинтеза флавоноидов в модельных и сельскохозяйственных растениях. Дж. Эксп. Бот. 2017;68:4013–4028. дои: 10.1093/jxb/erx177. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Breitling R, Amtmann A, Herzyk P. Итеративный групповой анализ (iGA): простой инструмент для повышения чувствительности и облегчения интерпретации экспериментов с микрочипами. БМК Биоинформа. 2004; 5:34. дои: 10.1186/1471-2105-5-34. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Wang H, et al. Новая гликозилтрансфераза катализирует перенос глюкозы на глюкозилированные антоцианы в пурпурном сладком картофеле. Дж. Эксп. Бот. 2018;69: 5444–5459. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

43. Ван Сяоюй, Ван Сяньлин, Ху Циннань, Дай Сюэмэй, Тянь Хайнань, Чжэн Кайцзе, Ван Сяопин, Мао Тунлинь, Чэнь Цзинь-Гуй, Ван Шуцай. Характеристика мутанта с активационной меткой раскрывает роль GLABRA2 в биосинтезе антоцианов у арабидопсиса. Журнал растений. 2015;83(2):300–311. doi: 10.1111/tpj.12887. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Jiang W, et al. Роль халконизомеразоподобного белка в биосинтезе флавоноидов в Arabidopsis thaliana . Дж. Эксп. Бот. 2015;66:7165–7179. doi: 10.1093/jxb/erv413. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. Штраке Ральф, Исихара Хирофуми, Хуэп Гуннар, Барш Айко, Мертенс Франк, Нихаус Карстен, Вайсшар Бернд. Дифференциальная регуляция близкородственных транскрипционных факторов R2R3-MYB контролирует накопление флавонолов в разных частях проростков Arabidopsis thaliana. Журнал растений. 2007;50(4):660–677. doi: 10.1111/j.1365-313X.2007.03078.x. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Bourke PM, Voorrips RE, Visser RGF, Maliepaard C. Инструменты для генетических исследований в экспериментальных популяциях полиплоидов. Передний. Растениевод. 2018;9:513. doi: 10.3389/fpls.2018.00513. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Clevenger JP, Ozias-Akins P. SWEEP: инструмент для фильтрации высококачественных SNP в полиплоидных культурах. Г3. 2015; 5:1797–1803. doi: 10.1534/g3.115.019703. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

48. Clevenger J, Chavarro C, Pearl SA, Ozias-Akins P, Jackson SA. Идентификация однонуклеотидного полиморфизма у полиплоидов: обзор, пример и рекомендации. Мол. Растение. 2015; 8: 831–846. doi: 10.1016/j.molp.2015.02.002. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

49. J., et al. Полногеномное генотипирование SNP разрешает признаки отбора и тетрасомной рекомбинации у арахиса. Мол. Растение. 2017;10:309–322. doi: 10.1016/j.molp.2016.11.015. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

50. Bastien M, Boudhrioua C, Fortin G, Belzile F. Изучение потенциала и ограничений генотипирования путем секвенирования для обнаружения SNP и генотипирования в тетраплоидном картофеле . Геном. 2018; 61: 449–456. doi: 10.1139/gen-2017-0236. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

51. Ранджан А. и др. eQTL регулирует уровни транскриптов, связанных с различными биологическими процессами в томате. Завод Физиол. 2016; 172: 328–340. doi: 10.1104/стр.16.00289. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

52. Wittkopp PJ, Haerum BK, Clark AG. Эволюционные изменения в регуляции генов цис и транс . Природа. 2004; 430:85–88. doi: 10.1038/nature02698. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

53. Рокман М.В., Кругляк Л. Генетика глобальной экспрессии генов. Нац. Преподобный Жене. 2006; 7: 862–872. дои: 10.1038/nrg1964. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

54. Bolger AM, Lohse M, Usadel B. Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательности Illumina. Биоинформатика. 2014;30:2114–2120. doi: 10.1093/биоинформатика/btu170. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

55. Dobin A, et al. STAR: сверхбыстрый универсальный выравниватель RNA-seq. Биоинформатика. 2013;29:15–21. doi: 10.1093/биоинформатика/bts635. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

56. Li H, Durbin R. Быстрое и точное выравнивание коротких чтений с помощью преобразования Берроуза-Уилера. Биоинформатика. 2009 г.;25:1754–1760. doi: 10.1093/биоинформатика/btp324. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

57. Li H, et al. Формат Sequence Alignment/Map и SAMtools. Биоинформатика. 2009;25:2078–2079. doi: 10.1093/биоинформатика/btp352. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

58. Cingolani Pablo, Platts Adrian, Wang Le Lily, Coon Melissa, Nguyen Tung, Wang Luan, Land Susan J., Lu Xiangyi, Ruden Douglas M. Программа для аннотирования и прогнозирования эффектов однонуклеотидных полиморфизмов, SnpEff. Летать. 2012;6(2):80–92. doi: 10.4161/fly.19695. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

59. Finn RD, et al. База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему. Нуклеиновые Кислоты Res. 2016;44:D279–D285. doi: 10.1093/nar/gkv1344. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

60. Berriz GF, Beaver JE, Cenik C, Tasan M, Roth FP. Программное обеспечение следующего поколения для функционального анализа тенденций. Биоинформатика. 2009;25:3043–3044. doi: 10.1093/биоинформатика/btp498. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

61. Тянь Тянь, Лю Юэ, Ян Хэньюй, Ю Ци, И Синь, Ду Чжоу, Сюй Вэньин, Су Чжэнь. agriGO v2.0: набор инструментов для анализа GO для сельскохозяйственного сообщества, обновление 2017 г. Исследование нуклеиновых кислот. 2017; 45(Н1):В122–В129. doi: 10.1093/nar/gkx382. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

62. Yu, G., Wang, L. G., Han, Y. & He, Q. Y. clusterProfiler: пакет R для сравнения биологических тем среди генных кластеров. Омикс 16 , 284–287 (2012). [Бесплатная статья PMC] [PubMed]

63. Т.К.Р. Разработка. R: Язык и среда для статистических вычислений. Вычисления. 2013; 1:12–21. [Google Scholar]

64. Stegle O, Parts L, Piipari M, Winn J, Durbin R. Использование вероятностной оценки остатков экспрессии (PEER) для повышения мощности и интерпретируемости анализа экспрессии генов. Нац. протокол 2012;7:500–507. doi: 10.1038/nprot.2011.457. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

65. Li MX, Yeung JM, Cherny SS, Sham PC. Оценка эффективного числа независимых тестов и значимых p — пороговые значения в коммерческих массивах генотипирования и общедоступных справочных наборах данных импутации. Гум. Жене. 2012; 131:747–756. doi: 10.1007/s00439-011-1118-2. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

66. Silva IT, Rosales RA, Holanda AJ, Nussenzweig MC, Jankovic M. Идентификация горячих точек хромосомной транслокации с помощью статистики сканирования. Биоинформатика. 2014;30:2551–2558. doi: 10.1093/биоинформатика/btu351. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

67. Krzywinski M, et al. Circos: информационная эстетика для сравнительной геномики. Геном Res. 2009;19:1639–1645. doi: 10.1101/gr.092759.109. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

68. Shannon P, et al. Cytoscape: программная среда для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия.